Nadleśniczy jednoosobowo kieruje nadleśnictwem, ponosi za nie odpowiedzialność i reprezentuje je na zewnątrz.

Zastępca nadleśniczego odpowiada za całokształt sfery produkcyjnej w nadleśnictwie, kieruje Działem Gospodarki Leśnej, pracą leśniczych oraz nadzoruje działalność Ośrodka Hodowli Zwierzyny Lasów Państwowych „Nadleśnictwo Białowieża".

Dział Gospodarki Leśnej prowadzi całokształt spraw związanych z planowaniem, organizacją, koordynacją i nadzorem prac w zakresie selekcji i nasiennictwa, hodowli lasu, ochrony lasu (w tym ochrony przeciwpożarowej), ochrony przyrody, łowiectwa oraz innych działów zagospodarowania lasu, urządzania lasu, użytkowania lasu oraz sprzedaży drewna, postępu technicznego i technologicznego. Dział ten prowadzi również sprawy związane ze stanem posiadania i  ewidencją gruntów oraz udostępnianiem lasu, a także przygotowuje i obsługuje merytorycznie narady nadleśniczego z kierownikami działów i leśniczymi.

Leśnictwa są podstawową jednostką terenową w nadleśnictwie, w której bezpośrednio prowadzona jest gospodarka leśna. Nadleśnictwo Białowieża dzieli się na 6 leśnictw. Leśnictwami kierują leśniczowie.

Ośrodek Hodowli Zwierzyny Lasów Państwowych „Nadleśnictwo Białowieża" (OHZ) jest jednostką szczególną prowadzącą gospodarkę zwierzyną poprzez jej ochronę, regulację liczebności, struktury płciowej i wiekowej. Zadania OHZ realizuje leśniczy ds. łowieckich.

Ośrodkiem Edukacji Leśnej „Jagiellońskie" – jest jednostką szczególną realizującą zagadnienia związane z edukacją leśną, turystyką, ochroną przyrody, udzielaniem informacji o środowisku oraz informacji publicznej, ponadto zajmuje się sprawami związanymi z prowadzeniem badań naukowych na terenie nadleśnictwa.

Główny księgowy wykonuje zadania i ponosi odpowiedzialność w zakresie księgowości, finansów, planowania finansowo-ekonomicznego, analiz, sprawozdawczości, a także organizuje i sprawuje kontrolę wewnętrzną, dokumentów finansowo-księgowych. Główny księgowy kieruje Działem Finansowo-Księgowym.

Stanowisko do spraw kontroli zajmowane jest w nadleśnictwie przez Inżyniera nadzoru. Inżynier nadzoru kontroluje prawidłowość wykonywania czynności gospodarczych w nadleśnictwie oraz zadania wynikające z ochrony mienia i udostępniania lasu. Wydaje zalecenia w zakresie ustalonym przez nadleśniczego i ściśle współpracuje z zastępcą nadleśniczego poprzez wzajemne konsultacje, zgłaszanie uwag i propozycji.

Stanowisko do spraw bhp - prowadzi całokształt spraw z zakresu BHP.

Sekretarz kieruje Działem Administracyjno-Gospodarczym i jest odpowiedzialny za całokształt spraw związanych z obsługą administracyjną nadleśnictwa.

Dział Administracyjno-Gospodarczy zajmuje się całokształtem spraw związanych z pełną obsługą administracyjną nadleśnictwa, administrowaniem nieruchomościami, sporządzeniem i realizacją planów budowy i zakupów środków trwałych oraz planem remontów w zakresie infrastruktury.

Stanowisko do spraw pracowniczych podlega bezpośrednio nadleśniczemu. Pracownik prowadzi całokształt spraw kadrowych w nadleśnictwie.

Posterunek Straży Leśnej jest komórką organizacyjną przy nadleśnictwie, powołaną do zwalczania przestępstw i wykroczeń z zakresu szkodnictwa leśnego oraz wykonywaniem innych zadań związanych z ochroną mienia Skarbu Państwa, będącego w zarządzie nadleśnictwa. Posterunkiem kieruje komendant, podległy bezpośrednio nadleśniczemu. W skład osobowy posterunku wchodzi również strażnik leśny bezpośrednio podległy komendantowi posterunku. komendant Posterunku Straży Leśnej realizuje zadania związane z ochroną informacji niejawnych, prowadzi i nadzoruje sprawy gospodarczo-obronne, obrony cywilnej, kancelarii tajnej w nadleśnictwie oraz sprawy związane z ochroną tajemnicy państwowej.