Nadleśniczy jednoosobowo kieruje nadleśnictwem, ponosi za nie odpowiedzialność i reprezentuje je na zewnątrz.

Zastępca nadleśniczego kieruje Działem Gospodarki Leśnej, pracą leśniczych oraz nadzoruje działalność Ośrodka Hodowli Zwierzyny Lasów Państwowych „Nadleśnictwo Białowieża", koordynuje pracę Ośrodka Edukacji Leśnej "Jagiellońskie".

Dział Gospodarki Leśnej prowadzi całokształt spraw związanych z planowaniem, organizacją, koordynacją i nadzorem prac w zakresie selekcji i nasiennictwa, hodowli lasu, ochrony lasu (w tym ochrony przeciwpożarowej), ochrony przyrody, badań naukowych, łowiectwa oraz innych działów zagospodarowania lasu, urządzania lasu, użytkowania lasu oraz sprzedaży drewna, postępu technicznego i technologicznego. Dział ten prowadzi również sprawy związane ze stanem posiadania i  ewidencją gruntów oraz udostępnianiem lasu, a także przygotowuje i obsługuje merytorycznie narady nadleśniczego z kierownikami działów i leśniczymi.

Leśnictwa są podstawową jednostką terenową w nadleśnictwie, w której bezpośrednio prowadzona jest gospodarka leśna. Nadleśnictwo Białowieża dzieli się na 6 leśnictw: Stoczek, Grudki, Podcerkiew, Teremiski, Nowe, Batorówka. Leśnictwami kierują leśniczowie.

Ośrodek Hodowli Zwierzyny Lasów Państwowych „Nadleśnictwo Białowieża" (OHZ) jest jednostką szczególną prowadzącą gospodarkę zwierzyną poprzez jej ochronę, regulację liczebności, struktury płciowej i wiekowej. Zadania OHZ realizuje leśniczy ds. łowieckich.

Ośrodek Edukacji Leśnej „Jagiellońskie" – jest jednostką szczególną realizującą zagadnienia związane z edukacją leśnąi turystyką na terenie Nadleśnictwa Białowieża. 

Główny księgowy wykonuje zadania i ponosi odpowiedzialność w zakresie księgowości, finansów, planowania finansowo-ekonomicznego, analiz, sprawozdawczości, a także organizuje i sprawuje kontrolę wewnętrzną, dokumentów finansowo-księgowych. Główny księgowy kieruje Działem Finansowo-Księgowym.

Stanowisko do spraw kontroli zajmowane jest w nadleśnictwie przez Inżyniera nadzoru. Inżynier nadzoru kontroluje prawidłowość wykonywania czynności gospodarczych w nadleśnictwie oraz zadania wynikające z ochrony mienia i udostępniania lasu. Wydaje zalecenia w zakresie ustalonym przez nadleśniczego i ściśle współpracuje z zastępcą nadleśniczego poprzez wzajemne konsultacje, zgłaszanie uwag i propozycji.

Stanowisko do spraw bhp - prowadzi całokształt spraw z zakresu BHP.

Sekretarz kieruje Działem Administracyjno-Gospodarczym i jest odpowiedzialny za całokształt spraw związanych z obsługą administracyjną nadleśnictwa.

Dział Administracyjno-Gospodarczy zajmuje się całokształtem spraw związanych z pełną obsługą administracyjną nadleśnictwa, administrowaniem nieruchomościami, sporządzeniem i realizacją planów budowy i zakupów środków trwałych oraz planem remontów w zakresie infrastruktury.

Stanowisko do spraw pracowniczych podlega bezpośrednio nadleśniczemu. Pracownik prowadzi całokształt spraw kadrowych w nadleśnictwie.

Posterunek Straży Leśnej jest komórką organizacyjną przy nadleśnictwie, powołaną do zwalczania przestępstw i wykroczeń z zakresu szkodnictwa leśnego oraz wykonywaniem innych zadań związanych z ochroną mienia Skarbu Państwa, będącego w zarządzie nadleśnictwa. Posterunkiem kieruje komendant, podległy bezpośrednio nadleśniczemu. W skład osobowy posterunku wchodzi również strażnik leśny bezpośrednio podległy komendantowi posterunku. komendant Posterunku Straży Leśnej realizuje zadania związane z ochroną informacji niejawnych, prowadzi i nadzoruje sprawy gospodarczo-obronne, obrony cywilnej, kancelarii tajnej w nadleśnictwie oraz sprawy związane z ochroną tajemnicy państwowej.